Microsoft Visual Studio 6 es la segunda versión de la suite de desarrollo de Microsoft, la última que no trabajaba sobre la plataforma .NET y la última versión en correr sobre la plataforma Windows 9x.1 Fue lanzada en junio de 1998. La versión de todos sus miembros fue movida a la 6.0, incluyendo a Visual J++ y a Visual InterDev, que se encontraban en las versiones 1.1 y 1.0 respectivamente. Esta versión fue la base para el sistema de desarrollo de Microsoft para los siguientes 4 años, en los que Microsoft migró su estrategia de desarrollo al .NET Framework. Visual Studio 6.0 es la última versión en incluir Visual Basic basado en Component Object Model; versiones posteriores incorporarían una versión muy diferente del lenguaje con muchas mejoras, fruto de la plataforma .NET.

También es la última versión en incluir Visual J++, que incluía extensiones propietarias e incompatibilidades al lenguaje de programación Java, lo que lo hacía incompatible con la versión de Sun Microsystems, propietario del lenguaje. Esto acarreó problemas legales a Microsoft, y se llegó a un acuerdo en el que Microsoft dejaba de comercializar herramientas de programación que utilizaran la Microsoft Java Virtual Machine aunque podía proporcionar soporte técnico a sus clientes que tuvieran ya desplegada la MSJVM4 y pagaba indemnizaciones de varios millones de dólares a Sun. Aunque el objetivo a largo plazo de Microsoft era unificar sus herramientas de desarrollo en un sólo entorno, esta versión y la anterior Microsoft Visual Studio 975 tienen Visual J++ y Visual InterDev que se separaban del entorno de Visual C++, mientras que Visual Basic y Visual FoxPro seguían manteniendo su entorno específico. Visual Studio 6.0 aparece en dos ediciones: Professional y Enterprise.